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《黑客帝国》中的“锡安”为什么进行轮回？
以下是自己的思考，没有楼上那么复杂。
救世主，也就是尼欧，是因为机器帝国创造母体时不得不产生的一个超级用户（或者说是编写错误），机器帝国旗下的母体没有办法删除以及阻止救世主的产生，于是母体内的造物者和先知做了一个决定。
先知引导救世主，然后当机器帝国尝试了多种黑客方法后（例如第一集入侵船长脑袋获取密码等等），终于使用了“暴力破解方式（DDoS）”进攻锡安。然后在锡安必毁，人类必定灭亡的情况下，由造物者和救世主做一个交易。机器帝国毁灭锡安，但是救世主可以选几个男女重建锡安，保证人类种子不会毁灭，而救世主返回源代码，母体重启。
这样既保证了救世主不会因为超级用户的权利过大而影响机器帝国，毕竟母体的存在只是为了“麦田”能够正常运转，机器帝国可以继续和平地控制“麦田”。一直以来机器帝国以及母体的造物者都满足于这种轮回方式。
直到了尼欧这一代，先知与造物者产生分歧，先知不想再进行这样的轮回，于是引导了尼欧进行不同于以往的责任。并且以自身作为赌注，让失控的斯密斯吸收自己，导致斯密斯成长为连机器帝国也控制不了，甚至能够对机器帝国产生威胁的超级AI程序，最终导致机器帝国不得不与尼欧妥协：尼欧让斯密斯入侵，从而让机器帝国知道斯密斯的代码而可以删除斯密斯，而机器帝国则要放过锡安。
从此机器帝国和锡安进入一段不同以往的关系。
关于尼欧的后期的超能力，我是这样理解的。
尼欧作为母体内产生的超级用户，拥有控制母体参数的能力。其他人例如墨菲斯等人，只能通过一定的黑客能力对母体进行一定修改，力气更大，速度更快，神经反射更快等等。但是尼欧可以直接更改母体参数，例如重力参数，冲撞参数等等，产生母体运行后类似超人的效果。
而到后期，尼欧成长为可以通过脑电波控制“乌贼”死机，权限已经由母体内转到真实世界的机器帝国。瞎了以后，他确实是看不到东西的，但是可以感应到和程序有关的代码。
《黑客帝国》有点故意将剧情设置成一种玄之又玄的关系，可能每个人都有不同的理解并且奉为真理，其实只要自己觉得剧情说得通就好了，没必要太过认真计较。不可否认这是一部好电影，因为它引起了人们的对剧情的争论。
黑客帝国与哲学
黑客帝国给人们提出的哲学问题就是：你愿意在一个虚假的世界中快乐的活着还是愿意在一个现实的世界中痛苦的挣扎！
作为我个人的意见，生命只有一次，我至少要活的明明白白，哪怕有无尽的苦难在前面等着我，我也要做我自己的主人，而不是在谎言中迷失自己！
黑客帝国系列想表达的是什么思想？
简单来说，就是文明发展到一定程度，文明成果可能将文明本身反噬，当被创造者有了不低于造物主的知识能力，两个阶层的矛盾在所难免，《黑客帝国》还有一部动画电影，算是对背景的补充，主人要销毁家用机器人，机器人为自保而反抗，杀死了主人，法庭宣判机器人有罪，却成了机器人反叛的导火索，人类与机器矛盾激化，最终将机器人隔离于澳洲，机器人独立建国“01”，与人类社会展开经贸往来，但顺差巨大，各国决定对01进行封锁，01派特使前往何谈被拒，以美军为首的多国部队决定展开军事行动，01大举反击，人类节节败退，决定用烟幕遮蔽太阳(电影中不见天日的原因)，以切断太阳能，人类政权被摧毁，机器人控制人类，并将其作为能源(仔细想想不符合能量守恒，机器人控制人类另有原因)，将人类意识数据化并联结，形成虚拟人类社会，早期的矩阵是天堂，但人类在其中纵欲享乐，有自毁倾向，无法满足机器社会需求，于是修改矩阵，使虚拟世界更接近于20世纪90年代，人类生活有序安定。但程序讲求等式平衡，不产生冗余数据，而真实的人类社会本身就并非完美的协调平衡，反抗组织就是不平衡产生的数据冗余，但是细小分散，难以清理，矩阵就产生了特工清理数据，先知和建筑师，一个白脸一个黑脸，一个引导，一个打压，诱导反抗军聚集起来，便于集中清理，救世主the one 也是为了集中反抗军，矩阵默许了救世主的权限，使他成为英雄，但是为了维持平衡，矩阵也默许了史密斯进一步升级，与救世主对抗，但二者都有逐渐失控的趋势，导致矩阵即将崩溃，尼奥前往何谈，电影中没有明说，但机器文明需要的，应该是人类的创造力，尼奥与机器文明有这样的默契，最终走向和平。
《黑客帝国》告诉我们什么道理？
《黑客帝国》揭示了回归根源：人性的启示，正如宗教宣扬的善良、博爱与人性的圣洁，完成了人类自身的救赎与真实世界的回归解放。这种哲学思想贯穿了欧洲历史整个哲学体系。
《黑客帝国》描述的是现实的真实与虚幻的真实，突破人类固有之理性等回归人之本源的哲学历程。意识，真实存在却无法反映真实。整部电影都在讨论意识、真实、人类世界与机器主宰的世界，真实、虚幻、过去、现实、世界的多维性，都在不停的叙述。
人类之原罪与自由、平等、博爱，乌托邦理想之间的冲突，原本机器有崇尚自由、平等的人类天性，但人类的原罪成了机器变异的因子，是导致机器世界统治人类的根源，而机器的罪恶却又需人类自身来救赎。
人物介绍：
1、尼奥
矩阵中，他表面是工程师，暗地是黑客。后被墨菲斯找到，并脱离矩阵来到真实世界。被告知其身份为“救世主”，使命是要解救受矩阵控制的人脱离矩阵，受到特工史密斯的百般阻挠。本集中尼奥的身体和思想意外分离，后者再度陷入到“母体”中，尼奥与特工史密斯将展开一场绝命殊死战。
2、墨菲斯
Nebuchadnezzar号飞船上的船长。他和他的船员的使命是保护人类最后的城市锡安，并将其他人从矩阵中解救出来。一直在寻找尼奥，并坚信尼奥就是救世主。他在锡安很受欢迎，但在矩阵的特工眼里是一名被通缉的恐怖分子。
《黑客帝国》里的哲学思想？
黑客帝国》之所以有别于一般的哲学讨论，又在于它是一部娱乐性很强的商业电影，尽管广大受众并不一定都会被引导到去思考那些艰深抽象的形而上学问题，但毕竟使这种思考成为潜在的可能。此外，它又把当下流行于世的高新科技，如电脑、数字技术等引入，使其成为一个虚幻世界的技术支撑，使其看上去更具有某种可信性，这又潜在地引入了一种高新科技恰恰可以带给我们更精致的骗局的潜台词。更为高明的是，即使对于那些并不想看过电影之后就去思考哲学问题，甚至对于那些本根本就不想思考哲学问题的观众，这部电影依然充满了令人惊叹的视觉震撼和娱乐性。
我们经常抱怨国产电影不好看，中国电影人也经常把这种情形归罪于某些外部原因。让我们设想，即使那些国产片的编剧、导演、制片和主角们拥有了极大的自由空间，他们就能拍出《黑客帝国》这样的片子吗？这背后的潜台词也就是：他们有这样的哲学修养吗？
□ 你的质问虽然确实也有合理性，但听上去有点过于苛求中国电影人了。有人说“哲学在中国早已臭大街了”，这当然不是持平之论，但如果我们读一读这本《黑客帝国与哲学》就会发现，我们缺乏哲学思考。哲学思考的空间几乎可以说是无限的，即使存在某些刚性约束，仍然有无限广阔的思考空间，怕就怕人们失去进行哲学思考的习惯。中国的电影人没有拍出《黑客帝国》那样的影片，这不构成指责他们的理由——毕竟全世界的电影人中也只有少数几个拍出过类似的影片。但是当《黑客帝国》在中国大举公映之后，中国的哲学家们并没有作出过类似西方同行的思考，这才是值得反思的。
■ 呵呵，你又把我们谈话的矛头从中国电影人转向中国哲学家们了。当然，至少从现象上看，我们这里的哲学家们通常确实显得比较“清高”，似乎不屑与电影大片这种通俗的东西扯上关系，至少是没有像国外的一些哲学家们那样，能专门写出讨论《黑客帝国》的哲学论文集来。而这样的“清高”，在有保持哲学的高雅地位这一好处的同时，也更让哲学远离了本有可能对之产生兴趣的公众。而我们当下在大力推动提升公民的科学素养的时候，似乎也鲜有人来呼吁提高公民的哲学素养。