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黑客可以越过权限控制军方无人机吗？
可以。不管是理论上，还是实际上都可以。只要你的能嵌入操控信息流的数据中就可以，而且前两种都是无线的，所以说完全可以，发射导弹的话，难度很大。
黑客入侵破坏民航飞机的控制导航系统，导致民航飞机发生事故--有这种可能性吗？
不太可能，民航的通信网络是卫星和无线电网络，只会被干扰，不会被黑客入侵
如何攻击战斗机系统
如果要实现楼主所说的，那飞机的大航电则必须是个开放的系统，而实际上飞机只有数据链和通讯存在开放接口，在空地间传输指引及参数信息，但不能传输直接控制飞机的控制信息，而且传输信息经过加密，数据链路多采用扩频随机跳频技术！
直接攻击飞机的航电系统对三代及三代前的采用1553B总线或模拟式的飞机有效，通过微波武器实施破坏式打击，在美国己经实用化，但美国的四代机都是采用的LTPB（F-22采用）或FC(F-35采用)总线技术，用光纤取代了电缆，且有良好的抗电磁性能，且数据处理能力及响应速度是传统的1553无法比拟的，对微波武器天生免疫！
但有一点是绝对的：无法远程夺取航电系统的控制权，也就无法实现夺取飞机控制权，因为航电的核心机：总线控制机是一个封闭的暗箱系统，而且几乎所有具有飞机研发能力的国家都对核心机的程序原代码高度保密，而固化式的实时响应操作系统又决定了其不可破译性和反逆向工程性！