电影《黑客帝国》里，为何neo瞎眼后能看到Zion世界里的史密斯??
(⊙o⊙)…很简单啊。黑客帝国是科幻电影，就是科学加玄幻的片子，尼奥虽然眼瞎了，但他开了天眼就能看到正常人看不到的东西了。
《黑客帝国》中祭司涮了斯密斯，那她的阴谋是什么？
楼上说的是目前对剧情了解颇深的人 的大部分人的想法
对于一般观众 只要知道是两个世界就行了
现在回答楼主的问题
第三部结尾的时候 实际上就是尼奥 作为系统的“测试员”将系统补丁打到系统内
当然史密斯的bug就消失了
史密斯同化别人 并不能吸取他的能力 这不是吸星大法
至于先知为什么选择被史密斯同化 你去看看黑客帝国的新闻吧
这个该死的先知在第三部拍摄完毕前挂了（就是所在现实中的先知的演员死了......好别嘴.....）
所以中间的剧情稍作修改 让先知消失了......
在《黑客帝国》中，史密斯究竟是不是母体特意制造的？
不是的，而且这个特工本来就是一个杀毒程序，但是被赋予了特别强的能力，然后也拥有了改写人类命运的能力。
《黑客帝国》中，怎么部署防御才有可能守住锡安？
需要进行分段防御，而且要在每一段防御线上，安排相应的士兵来进行防守，这样才可以守住锡安。
黑客帝国2的一开始，贝恩为什么要杀尼奥？1集也没有交代这个人？怎么出来的
因为贝恩在Matrix中被史密斯复制成自己了（32分45秒），所以当贝恩回到锡安的时候，他的意识其实是史密斯，史密斯当然要杀Neo。
黑客帝国的几个问题：
史密斯通过电话线从虚拟的母体来到现实，这只是他的思想被注入到了贝恩的大脑内了，并不是他的本体来到了现实中。看看他用的还是贝恩的身体就知道了。类似于精神控制、洗脑之类的情况。人们能够通过脑后连线进入母体，用自己的脑电波在母体里体验各种几乎是真实的感觉，味觉，触觉还有痛觉。同样母体也能用一段脑电波通过有效的连接进入人脑，从而取代他们并支配他们的身体。
母体设计师设计制造了母体这个人工智能计算机和他的系统软件，就是母体世界，之后把自己的身体或大脑也连接到这台超级智能电脑上了，就像其他那些被当做能源的人们一样，身体被放在一个培养皿内，大脑却依然活在虚拟世界里，区别可能是母体之父的思想是自由的，没有被电脑安排在虚拟的身份过着虚拟的生活，他知道这个虚拟世界的一切，就像Windows系统里面的Admin（超级管理员）一样拥有所有的系统访问权和修改权。身体或大脑则是被安放在现实世界母体基地里面最安全的地方罢了。
史密斯特工本身只不过就是这个超级计算机里面的杀毒程序而已，只不过对于尼奥的恨意使他变化了（参考基因突变，原理找度娘自行补脑），从一个杀毒程序变成了一个超级病毒，会自动学习并升级，欺骗母体这个超级系统，使自己不能被母体清除。而尼奥就像我们现实世界里的黑客一样，能够进入不被允许进入的计算机内，任意浏览，修改里面的程序或文件。正好尼奥这个黑客可以制服史密斯这个病毒，所以他就提出了让母体不再进攻锡安，自己帮母体清除已经扩散的史密斯病毒。母体毕竟是一个超高级的智能计算机，但苦于自己的防御措施对史密斯已经无效，考虑到自己的生存情况，最终答应了尼奥的条件。
朋友关于最佳第六人的问题，这就是见仁见智了。一下是我个人观点：
之所以是这第六个尼奥成功了，是因为他是这部电影的主角，有主角光环，如果我们用前面那几个英年早逝的尼奥拍黑客帝国，不用三部曲，一部的120分钟都用不完就结束了。
再者，现实生活中的你，有没有经历过一些很惊险，或者当时没觉得如何，但现在回想起来却后怕的事呢？为什么我们站在这，有些人却变成了一块石碑（电视里面的公共事故多了去了，我们身边的活生生的例子也不少吧）。人们都有自己的世界，都觉得自己是这个世界的主角，其他人不过是龙套，正因为这样，我们才躲过了一次次的危难依然坚强而苦逼的活着。这是主观的。
客观的说，母体之父也在电影里提到了一点，他说一系列数学精确计算后本应该很完美很精确的得到一个自然和数，但偶尔也有些除不尽的质数，这也完美数学都没有解决的数据，就是我们常说的意外。可能六号尼奥就是个意外，他的一系列的选择，使他最终完成了其他尼奥没完成的事。这就像我们人一样，每个人都是特别的，都有自己的性格，脾气和梦想。绝对唯一。导演就像是故意安排，让没有任何束缚，自由自在，独一无二的人性和严谨的，完美的，循规蹈矩的科学做了一次对决。科学按步就班，循规蹈矩，绝不做程序设定以外的事。人性随心所欲，没有什么固定模式，决定就在一念之差。最终人性赢了，也昭示着人类赢了，不管是电影里的还是电影外的。
人类是伟大的，人也是最特么复杂的，比任何机器电脑都复杂。
黑客帝国3
尼奥在眼睛瞎了以后是可以看到付在贝恩身上的史密斯的，而不是贝恩。
先知最终揭示了史密斯的真正的由来，是建筑师建立平衡机制的一个产物，是尼奥的负面。这也解释了史密斯越来越强大甚至超过母体控制的原因，正因为尼奥的发展不同于以往的The one。
尼奥与史密斯之间的关系是：
假设尼奥是X，史密斯是Y的话，则有
f(x)=y
即史密斯是一定算法得来的尼奥，也就说史密斯依赖于尼奥存在，没有尼奥，史密斯不能存在。所以尼奥才会想到牺牲自己，打败史密斯。所以史密斯才会说“这不公平！”。
最后可以看到与尼奥决斗的是感染史密斯的先知。（最后先知躺在坑里），先知洞悉这一切，走了一步险棋：把自己的力量给了史密斯反过来牵制母体，并希望尼奥能看透。因为超过了常规，先知也不能知道结果。
黑客帝国里史密斯什么时候侵入了班恩的大恼
黑客帝国第二部
32分45秒那里，贝恩在母体里面刚准备接电话，被史密斯抓到并复制（或者说感染）了，然后是被感染的贝恩回到了舰上
至于为什么贝恩的思想会变成史密斯的，我是这样理解的：
记得黑客帝国三部电影里面时长会有知识记忆传输的镜头么？比如崔尼蒂打电话给坦克，叫他传输直升飞机的驾驶方法给自己。而史密斯也是这样，通过感染一个人，不仅复制了自己，还把自己的记忆强行灌输到受害人大脑里，使其拥有史密斯自己的记忆和思想